Im 9. Jahrhundert begann durch Mönche des Klosters Rheinau und nach der Gründung des Klosters St. Blasien 850 die Rodung des Schwarzwaldes. Um die Jahrhundertwende interessierten sich Adelsherrschaften für das ungerodete Land in unserer Gegend. Bedeutend für die Entstehung von Grafenhausen war das reichbegüterte Geschlecht der Grafen von Nellenburg, deren Stammburg in der Nähe von Stockach am Bodensee lag. In dem Grafengeschlecht sind Kaiser und Könige, ja sogar Papst Leo IX. zu finden.
1050 Graf Eberhard III. von Nellenburg gründet das Kloster Allerheiligen in Schaffhausen
1050-1078 Beginn der Gründung einer Siedlung in Grafenhausen durch Graf Eberhard III.. Das Grafengeschlecht versuchte die Expansionsbestrebungen des Klosters St. Blasien einzudämmen und den Einfluss einer eigenen Klostergründung Schaffhausens in dieser Gegend zu stärken. Die Gründung Grafenhausens schenkte er dem Kloster Allerheiligen.
1078 Graf Eberhard der III. stirbt.
1080-1085 Abt Siegfried von Allerheiligen gründet in Grafenhausen eine Klosterzelle, ein Benediktinerinnenkloster als Tochterkloster des mächtigen Klosters Allerheiligen in Schaffhausen. Das Kloster wurde der heiligen Fides geweiht. Die hl. Fides ist bis zum heutigen Tag die Schutzpatronin der Pfarrgemeinde. Das Kloster stand vermutlich an der Stelle der Grundschule. Beim Bau des Schulhauses stieß man auf einen Steinplattenweg, der zur Kirche führte. Es wurde vermutet, dass die "Cella ad St. Fidem'' dort unten stand - mindestens eine Erweiterung. Die Schwestern lebten nach der Regel des hl. Benedikt nach seinem Wahlspruch: Ora et labora - bete und arbeite.
1095 Papst Urban der II. bestätigt in einer Bulle am 8. Oktober 1095 den Besitz und das Kloster von Allerheiligen (Siegel einer Urkunde).
In dieser Urkunde wird Grafenhausen erstmals urkundlich erwähnt und der Klosterbesitz Allerheiligens beschrieben. Dort heißt es im Text: "In nigra silva in locis Gravenhusin et Schluochsee et monte Stouphin dictis."
1096 Bischof Gebhard der III. (1084-1111) von Konstanz weiht die Propstei Grafenhausen ein. Siedlung und Kloster wurden von einem Mönch als Vorsteher betreut. Aus der einfachen Klosterzelle und der Siedlung erhielt der Ort eine immer größere Bedeutung. Während die Grundherrschaft und geistliche Herrschaft im Besitz der Äbte von Allerheiligen blieben, lag die Oberhoheit über Grafenhausen bis 1285 beim Hause Nellenburg.
1125 Zwischen dem mächtigen Kloster Allerheiligen und dem Kloster St. Blasien kommt es zu einem Streit über Grenzgebiete.
1164 In einem neutralen Schiedsgericht wird der Grenzstreit beendet. Das Gericht bildeten die Äbte von Engelberg, Salem und Lützel. Das Grenzgebiet zwischen den beiden Klöstern ist der Kamm des Hohenstaufen.
1165 Erwähnung eines Adelsgeschlechtes in Signau, eines Nikolaus von Signau.
1285 Grafenhausen erhält das Stadtrecht. Vermutlich bekam der Ort die Stadtrechte als vorgeschobenes Bollwerk des Klosters Allerheiligen gegen das mächtige St. Blasien. Die Stadt wurde befestigt, bekam das Marktrecht und die Gerichtsbarkeit. 1928 stieß man auf alte Mauerreste, vermutlich Teile der früheren Stadtbefestigung.

Befestigung:


nach Nordosten der Graben der Schlücht
nach Nordwesten Graben und Wälle
nach Süden Häuserfront
Noch 1471 wird der Stadtgraben genannt. Grafenhausen spielte eine bedeutende Rolle als Sitz eines Gerichtes, wo Urteile gesprochen und vollstreckt wurden. Das heutige Wappen der Gemeinde, das die Justitia mit Schwert, Waage und verbundenen Augen zeigt, erinnert an jene Zeit. Die über die Augen gelegte Binde will sagen, dass das Gericht nicht zu beeinflussen ist, also ohne Ansehen der Person ein Urteil gefällt wird. Das Haus des Grafen, das ihm als Wohnsitz während der Gerichtstermine gedient hat, dürfte dem Ort den Namen gegeben haben.
1285 Grundherrschaft und geistliche Herrschaft über Grafenhausen waren beim Kloster Allerheiligen bis im Jahre 1285 Graf Mangola von Nellenburg seine Rechte und damit auch die Oberhoheit an den Abt von Allerheiligen überstellte.
1289 Erstmalige Erwähnung von Geroldshofstetten. Dem Namen nach muss Geroldshofstetten früher auch ein Adelsgeschlecht gehabt haben, denn mit Hofstätten waren immer besondere Rechte und Freiheiten verbunden.
1475 Verlust der Stadtrechte. Die Gründe für den Verlust sind unbekannt. In diese Zeit fällt auch das Ende des Klosters in Grafenhausen, das fast 400 Jahre bestand. Mit der Auflösung des Klosters Allerheiligen in der Reformation fiel auch Grafenhausen an den Stadtstaat von Schaffhausen.
1524/25 Wegen seiner Zugehörigkeit zu Schaffhausen berührte der Bauernkrieg 1524/25 Grafenhausen kaum. Allerdings machte Hans Müller von Bulgenbach als Führer des Stühlinger Aufstandes von sich reden. Er stammte aus dem Grafenhausener Ortsteil Bulgenbach. Höhepunkt seiner Laufbahn war die Einnahme der Stadt Freiburg im Mai 1525. Im August des gleichen Jahres fiel sein Haupt unter dem Schwert eines Scharfrichters aus Schaffhausen. Sein Leichnam wurde in seinem Heimatort Bulgenbach beigesetzt.
1530 Die Stadt Schaffhausen tauschte zur Abrundung der Gebiete mit den Stühlinger Landgrafen Wilhelm und Christoph von Lupfen, Grafenhausen und Birkendorf gegen die Ortschaften Schleitheim und Beggingen aus. Schaffhausen behielt sich aber auf der Gemarkung Grafenhausen das Recht vor, 360 ha Wald zu bewirtschaften, ein Recht, das bis auf den heutigen Tag besteht. Heute noch betreut ein eigener kantonaler Förster den Schaffhauser Wald.
1582 Landgraf Heinrich IV. von Stühlingen verstarb kinderlos. Um sein Erbe stritten sich: Kaiser Maximilian II., die Grafen von Sulz, die Fürstenberger, die Mörsperger und die Pappenheimer. Grafenhausen fiel den Freiherren von Mörsperg zu, die in Bonndorf residierten.
1603 Joachim Christoph von Mörsperg verkauft den Ort zusammen mit anderen Besitzungen an den Erbmarschall von Pappenheim.
1609 Erbmarschall von Pappenheim verkauft Grafenhausen an das 850 gegründete Kloster St. Blasien.
1612 Seit 1612 unterstand Grafenhausen dem Kloster St. Blasien und wurde von dorther seelsorgerisch betreut.
1622 Eine schwere Brandkatastrophe wütete in Grafenhausen, der neben einer Anzahl Häuser auch die Kirche und das Pfarrhaus zum Opfer fielen. Lediglich der markante Kirchturm mit den Eckquadersteinen überstand die Katastrophe.
1596-1625 Abt Martin begann mit dem Bau einer neuen Kirche. Sie konnte vermutlich wegen des Dreißigjährigen Krieges erst 1656 eingeweiht werden.
   
1634 Ab 1634 bekam der Ort auch die Schrecken des Dreißigjährigen Krieges (1618-1648) zu spüren, der Schrecken, Tod und Elend über den Ort brachte. Noch heute erinnern Schwedenkreuze an jene unheilvolle Zeit.
1687 Fremde Truppen schleppten die Pest ein, die grausam unter der Bevölkerung wütete. Ein Massengrab an der Friedhofsmauer mit Peststein gibt davon Zeugnis. Der sogenannte Peststein oder das Pestkreuz mit Totenkopf befindet sich in der südlichen Friedhofsmauer bei den Kindergräbern. Er erinnert noch an die Schrecken jener Zeit. Schwedenmassengräber sind nach landesgeschichtlichen Forschungen auch in dem kleinen Wäldchen beim Schützenhaus. Es wurden dort auch Ausgrabungen vorgenommen, aber bei Beginn des 2. Weltkrieges gestoppt. Man vermutete dort auch Schwedenschätze. Der Ort hatte immer wieder unter durchziehenden Truppen zu leiden.
1791-1792 Mit der Gründung der Brauerei Rothaus sorgte Fürstabt Martin Gerbert für eine wirtschaftliche Belebung der Gemeinde. An der Stelle der Brauerei Rothaus stand früher die Weinschenke "Zum Rothen Haus", das seinen Namen nach dem Schaffhauser Grafengeschlecht, der Edlen von Roth hat, das hier seinen Wohnsitz hatte und mit den Nellenburgern verwandt war. Das Kloster St. Blasien kaufte 1766 die Weinschenke und gründete 1791-1792 die Brauerei Rothaus.
1803 Im Reichsdeputationsbeschluß 1803 und der allgemeinen Säkularisation 1806 wurden in Deutschland alle geistlichen Herrschaften aufgehoben, so auch 1807 das Kloster St. Blasien.
1805 Grafenhausen wird für ein Jahr württembergisch.
1806

Grafenhausen wird dem Großherzogtum Baden zugeordnet.

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